Organami „Eksploatator” Sp. z o.o. są Zgromadzenie Wspólników, Rada Nadzorcza oraz Zarząd Spółki, którym kieruje Prezes Zarządu.
W skład struktury organizacyjnej Spółki wchodzą:
- Pion Techniczny, którym kieruje Dyrektor ds. Technicznych
- Pion Rozwoju, którym kieruje Dyrektor ds. Rozwoju
- Pion Finansowo – Księgowy, którym kieruje Główny Księgowy